Istituita come Sottosezione di Archivio di Stato di Fano con DM 3 dicembre 1955, ebbe da sempre sede nei locali sottostanti la Biblioteca Federiciana, all’interno dell’edificio che anticamente ospitava il monastero dei Padri dell’Oratorio di San Filippo Neri, congregazione fondata a Fano nei primi anni del XVII secolo da Girolamo Gabrielli, esponente di una nobile famiglia fanese. Nel 1808 il palazzo divenne proprietà del Demanio, ma al ritorno del governo pontificio fu restituito ai Padri dell’Oratorio. Con la soppressione delle corporazioni religiose del 1861, la proprietà dell’edificio passò definitivamente al Municipio di Fano.
In seguito all'attuazione del DPR 30 settembre 1963, n. 1409, l’Istituto fu trasformato in Sezione di Archivio di Stato con DM 10 aprile 1965, dipendente dall'Archivio di Stato di Pesaro e Urbino.
