L’Archivio di Stato di Varese è stato istituito come sezione di Archivio di Stato, a seguito del decreto ministeriale del 20 agosto 1963. Ha assunto la piena qualifica di Archivio di Stato con il D.P.R. n. 1409 del 30 settembre 1963, che, all’articolo 3, stabiliva l’obbligo di istituire tali enti nei capoluoghi di provincia. In attesa di una sede adeguata, la Direzione fu inizialmente ospitata presso la Prefettura di Varese. I primi progetti per la costruzione della sede risalgono al 14 novembre 1961, con approvazione definitiva il 28 dicembre 1962. L’edificio attuale, situato in via Col di Lana n. 5, fu consegnato nel dicembre 1965 e ufficialmente locato dalla Provincia di Varese il 20 ottobre 1966. Con l’entrata in funzione della nuova sede, è stato possibile iniziare a ricevere la documentazione prodotta da oltre quarant’anni dalle amministrazioni periferiche dello Stato, in conformità alle disposizioni del D.P.R. 1409/1963.
