Il R. Archivio di Stato in Roma venne istituito con il R.D. del 30 dicembre 1871, n. 605 con il compito di conservare le carte degli organi centrali dello Stato Pontificio, ai quali si aggiunsero anche gli atti degli archivi giudiziari e notarili. L’istituto ha assunto fin dalle origini anche le funzioni di Archivio del Regno, sezione destinata a raccogliere gli originali delle leggi e dei decreti reali, i registri dello stato civile della famiglia reale ed il registro araldico. Nel nuovo Archivio di Stato risultano confluiti gli archivi amministrativi, finanziari, giudiziari e notarili dello Stato pontificio; in seguito si aggiunsero quelli delle corporazioni religiose soppresse (l. 19 giugno 1873, n. 1402) e, verso la fine del secolo, anche gli ospedali romani, fra i quali quelli di S. Giovanni e di S. Spirito in Sassia.
La storia dell’Archivio di Stato di Roma ha delle caratteristiche particolari, se confrontata agli altri archivi delle capitali dei diversi stati preunitari. Con l’annessione di Roma all’Italia, il 20 settembre 1870, e la fine del potere temporale dei papi, la documentazione archivistica degli uffici ed organismi dello Stato pontificio entrò in possesso dello Stato italiano, ad eccezione di quella conservato presso i palazzi vaticani. In linea di massima, l’Archivio di Stato di Roma conserva la documentazione degli organismi pontifici preposti all’Amministrazione temporale, mentre l’Archivio Segreto Vaticano conserva la documentazione degli uffici ed organismi preposti al governo della Chiesa. Gradualmente i due importanti Istituti perfezionarono la loro specializzazione anche attraverso scambi di materiale L’Archivio di Stato di Roma visse un primo cinquantennio caratterizzato da varie e faticose peregrinazioni da un palazzo romano all’altro, prima di trovare una sede prestigiosa nel palazzo della Sapienza.