L'Archivio di Stato di Messina venne istituito come Archivio provinciale con la legge organica sugli archivi del 1 agosto 1843 n. 8309 e cominciò di fatto a funzionare il 31 luglio 1854. Con R.D. 22 settembre 1932 n. 1391 divenne Archivio provinciale di Stato, per cambiare in Sezione di Archivio di Stato con la legge 22 dicembre 1939 n. 2006. L'attuale denominazione di Archivio di Stato viene assunta con il D.P.R. 30 settembre 1963 n. 1409.
Conserva circa 6,5 km lineari di documentazione, che costituisce una fonte di primaria importanza per la storia della città e della provincia messinese dal XIII secolo fino ai giorni nostri. Il patrimonio archivistico custodito comprende le carte prodotte dalle istituzioni politiche, amministrative e giudiziarie preunitarie e da quelle statali post-unitarie comprese nel territorio della provincia, nonché archivi di enti pubblici, di famiglie, di persone, di associazioni e di altri organismi privati che rivestono o hanno rivestito un interesse storico particolarmente importante.
